A、甲组中噬菌体没有细胞结构，变形虫是动物细胞，都没有细胞壁，故A正确；
B、变形虫和衣藻都是真核细胞，都具有核膜，故B正确；
C、丙组中噬菌体没有细胞结构，蓝藻是原核细胞，都没有染色体，丁变形虫和衣藻都是真核细胞，都具有染色体，丙与丁的分类依据可以是有无染色体，故C正确；
D、甲噬菌体、变形虫以及蓝藻都没有叶绿体，甲与乙的分类依据可以是能否光合作用，故D错误．
故选：D． A、甲组中噬菌体没有细胞结构，变形虫是动物细胞，都没有细胞壁，故A正确；
B、变形虫和衣藻都是真核细胞，都具有核膜，故B正确；
C、丙组中噬菌体没有细胞结构，蓝藻是原核细胞，都没有染色体，丁变形虫和衣藻都是真核细胞，都具有染色体，丙与丁的分类依据可以是有无染色体，故C正确；
D、甲噬菌体、变形虫以及蓝藻都没有叶绿体，甲与乙的分类依据可以是能否光合作用，故D错误．
故选：D．