①发菜是原核生物，①错误；
②原核生物中的蓝藻、硝化细菌等属于自养型生物，大多数属于异养生物，②正确；
③细胞是生命系统最基本的结构层次，③错误；
④单细胞生物是一个个体，能完成各种生命活动，④正确；
⑤HIV是病毒，没有细胞结构，不含细胞膜，⑤错误；
⑥生态系统由生物群落和无机环境组成，⑥正确；
⑦草履虫是单细胞生物，因此既属于细胞层次，也属于个体层次，⑦正确；
⑧植物的生命系统结构层次中没有“系统”这一层次，⑧错误．
故选：A． ①发菜是原核生物，①错误；
②原核生物中的蓝藻、硝化细菌等属于自养型生物，大多数属于异养生物，②正确；
③细胞是生命系统最基本的结构层次，③错误；
④单细胞生物是一个个体，能完成各种生命活动，④正确；
⑤HIV是病毒，没有细胞结构，不含细胞膜，⑤错误；
⑥生态系统由生物群落和无机环境组成，⑥正确；
⑦草履虫是单细胞生物，因此既属于细胞层次，也属于个体层次，⑦正确；
⑧植物的生命系统结构层次中没有“系统”这一层次，⑧错误．
故选：A．