细菌的基本结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、遗传物质，有些细菌还有鞭毛、荚膜等特殊结构；真菌的基本结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，酵母菌的结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核、液泡．
A、大肠杆菌有细胞壁，酵母菌也有细胞壁，故A错误．
B、大肠杆菌和酵母菌都有细胞膜，故B错误；
C、酵母菌和大肠杆菌都没有叶绿体，故C错误．
D、真菌和细菌在细胞结构上的明显区别是有无成形的细胞核，酵母菌有细胞核，大肠杆菌没有成形的细胞核，故D正确；
故选：D 细菌的基本结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、遗传物质，有些细菌还有鞭毛、荚膜等特殊结构；真菌的基本结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，酵母菌的结构包括：细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核、液泡．
A、大肠杆菌有细胞壁，酵母菌也有细胞壁，故A错误．
B、大肠杆菌和酵母菌都有细胞膜，故B错误；
C、酵母菌和大肠杆菌都没有叶绿体，故C错误．
D、真菌和细菌在细胞结构上的明显区别是有无成形的细胞核，酵母菌有细胞核，大肠杆菌没有成形的细胞核，故D正确；
故选：D