A、病毒没有细胞结构，而细菌没有成形的细胞核，不具有完整的细胞结构．A错误．
B、并所有细菌都有荚膜和鞭毛．B错误．
C、真菌大多是多细胞生物，酵母菌属于单细胞生物．C错误．
D、有的细菌是有害的，能使生物体致病，使物质腐烂变质，但大部分细菌是有益的，如甲烷菌可以净化污水，乳酸菌可以制作酸奶、泡菜等．病毒、真菌也是对人类是有利又有害．D正确．
故选：D A、病毒没有细胞结构，而细菌没有成形的细胞核，不具有完整的细胞结构．A错误．
B、并所有细菌都有荚膜和鞭毛．B错误．
C、真菌大多是多细胞生物，酵母菌属于单细胞生物．C错误．
D、有的细菌是有害的，能使生物体致病，使物质腐烂变质，但大部分细菌是有益的，如甲烷菌可以净化污水，乳酸菌可以制作酸奶、泡菜等．病毒、真菌也是对人类是有利又有害．D正确．
故选：D