A、用样方法调查植物的种群密度时，应随机取样，调查不同的植物类型时样方面积应不同，样方大小根据调查的对象来确定，调查双子叶草本植物时，样方通常为lm×lm，A错误；
B、采用标志重捕法调查动物种群密度时，尽量防止标志物脱落，否则会导致重捕中被标志的个体数偏小，最终导致实验所得到数值比实际数值大，B正确；
C、用血球计数板计数酵母菌数量时，应统计方格内和两条相邻的两边的菌体，C错误；
D、用取样器取样法调查土壤中小动物类群的丰富度时，可以用目测估计法统计各种群的数量，D错误．
故选：B． A、用样方法调查植物的种群密度时，应随机取样，调查不同的植物类型时样方面积应不同，样方大小根据调查的对象来确定，调查双子叶草本植物时，样方通常为lm×lm，A错误；
B、采用标志重捕法调查动物种群密度时，尽量防止标志物脱落，否则会导致重捕中被标志的个体数偏小，最终导致实验所得到数值比实际数值大，B正确；
C、用血球计数板计数酵母菌数量时，应统计方格内和两条相邻的两边的菌体，C错误；
D、用取样器取样法调查土壤中小动物类群的丰富度时，可以用目测估计法统计各种群的数量，D错误．
故选：B．