A、微生物包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生动物、显微藻类等在内的一大类生物群体，在生态系统中大多数的细菌、真菌能把动物、植物的遗体、遗物分解成二氧化碳、水和无机盐等，归还土壤，供植物重新利用，这些腐生的细菌、真菌是生态系统中的分解者，促进了生态系统中的物质循环．故此选项正确；
B、苏云杆菌寄生在害虫体内，导致害虫死亡，苏云杆菌可以用来杀灭100多种农业害虫，故此选项正确；
C、微生物大都是生态系统的分解者，只有少量的微生物如光合细菌、硝化细菌、显微藻类等属于生态系统的生产者，还有一部分微生物是消费者，如各种病毒、致病菌和原生动物．故此选项不正确；
D、微生物中的某些细菌会与动物，植物共生，如根瘤菌与豆科植物共生，大肠杆菌和人共生，故此选项正确．
故选C A、微生物包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生动物、显微藻类等在内的一大类生物群体，在生态系统中大多数的细菌、真菌能把动物、植物的遗体、遗物分解成二氧化碳、水和无机盐等，归还土壤，供植物重新利用，这些腐生的细菌、真菌是生态系统中的分解者，促进了生态系统中的物质循环．故此选项正确；
B、苏云杆菌寄生在害虫体内，导致害虫死亡，苏云杆菌可以用来杀灭100多种农业害虫，故此选项正确；
C、微生物大都是生态系统的分解者，只有少量的微生物如光合细菌、硝化细菌、显微藻类等属于生态系统的生产者，还有一部分微生物是消费者，如各种病毒、致病菌和原生动物．故此选项不正确；
D、微生物中的某些细菌会与动物，植物共生，如根瘤菌与豆科植物共生，大肠杆菌和人共生，故此选项正确．
故选C