A、达尔文生物进化理论提出了进化论的观点，不是分子生物学阶段的重要标志，A错误；
B、DNA双螺旋结构的提出是生命科学的研究进入了分子水平，B正确；
C、艾弗里肺炎双球菌转化实验证明DNA是遗传物质，这不是生物科学发展进入到分子生物学阶段的标志，C错误；
D、孟德尔遗传规律的发现使遗传学有了重大的突破，D错误；
故选：B． A、达尔文生物进化理论提出了进化论的观点，不是分子生物学阶段的重要标志，A错误；
B、DNA双螺旋结构的提出是生命科学的研究进入了分子水平，B正确；
C、艾弗里肺炎双球菌转化实验证明DNA是遗传物质，这不是生物科学发展进入到分子生物学阶段的标志，C错误；
D、孟德尔遗传规律的发现使遗传学有了重大的突破，D错误；
故选：B．