A、摩尔根采用假说演绎法证明基因在染色体上，A错误；
B、模型方法可以借助具体的实物，也可以借助其他形象化的手段，或通过抽象的形式来表达，而不是对认识的对象进行形象化描述，B错误；
C、用于观察质壁分离与复原的紫色洋葱表皮细胞不再具有分裂能力，因而不能用来作为观察植物细胞有丝分裂的材料，C错误；
D、采用标志重捕法调查动物种群密度时，尽量防止标志物脱落，否则会导致重捕中被标志的个体数偏小，最终导致实验所得到数值比实际数值大，D正确．
故选：D． A、摩尔根采用假说演绎法证明基因在染色体上，A错误；
B、模型方法可以借助具体的实物，也可以借助其他形象化的手段，或通过抽象的形式来表达，而不是对认识的对象进行形象化描述，B错误；
C、用于观察质壁分离与复原的紫色洋葱表皮细胞不再具有分裂能力，因而不能用来作为观察植物细胞有丝分裂的材料，C错误；
D、采用标志重捕法调查动物种群密度时，尽量防止标志物脱落，否则会导致重捕中被标志的个体数偏小，最终导致实验所得到数值比实际数值大，D正确．
故选：D．