（1）根据题意可知，题中涉及两对相对性状的遗传，题干中提出问题1“控制两对相对性状基因是否分别遵循基因的分离定律”，因此问题2可以为：控制两对相对性状的非等位基因是否遵循基因的自由组合定律．
（2）①根据孟德尔的杂交实验，亲本选择具有两对相对性状的纯合子进行杂交，即取纯合高茎豆荚饱满的豌豆和矮茎豆荚不饱满的豌豆杂交；观察和统计F₁的性状和比例；保留部分F₁种子．
②将F₁种下，让其自交；观察和统计F₂的性状和比例．
（4）实验分析：
①F₂中，高茎和矮茎、豆荚饱满和豆荚不饱满分别是由一对等位基因控制的，所以高茎与矮茎的比是3：1，豆荚饱满和豆荚不饱满的比是3：1，并遵循孟德尔的基因分离定律．
②F₂四种表现型的比例不是9：3：3：1，所以控制上述两对相对性状的非等位基因不遵循基因的自由组合定律．
（5）验证假说一般通过测交的方式进行实验验证，这是因为测交实验能够根据后代的表现型及比例推测亲本产生的配子的种类及比例．因此写出测交的遗传图解即可，并且由于F₁形成的配子的种类及比例是DE：De：dE：de=4：l：l：4，因此测交后代的表现型及比例应符合4：1：1：4的比例．遗传图解如下：

故答案为：
（1）控制两对相对性状的基因是否遵循孟德尔基因的自由组合定律或控制两对相对性状的基因是否在同一对同源染色体上（是否分别在两对同源染色体上）
（2）①高茎豆荚饱满的豌豆和矮茎豆荚不饱满的豌豆杂交    ②F₁代个体进行自交
（4）①高茎：矮茎=3：l，豆荚饱满：豆荚不饱满=3：l      ②不遵循孟德尔的基因自由组合定律（控制两对相对性状的基因在同一对同源染色体上）
（5）遗传图
（1）根据题意可知，题中涉及两对相对性状的遗传，题干中提出问题1“控制两对相对性状基因是否分别遵循基因的分离定律”，因此问题2可以为：控制两对相对性状的非等位基因是否遵循基因的自由组合定律．
（2）①根据孟德尔的杂交实验，亲本选择具有两对相对性状的纯合子进行杂交，即取纯合高茎豆荚饱满的豌豆和矮茎豆荚不饱满的豌豆杂交；观察和统计F₁的性状和比例；保留部分F₁种子．
②将F₁种下，让其自交；观察和统计F₂的性状和比例．
（4）实验分析：
①F₂中，高茎和矮茎、豆荚饱满和豆荚不饱满分别是由一对等位基因控制的，所以高茎与矮茎的比是3：1，豆荚饱满和豆荚不饱满的比是3：1，并遵循孟德尔的基因分离定律．
②F₂四种表现型的比例不是9：3：3：1，所以控制上述两对相对性状的非等位基因不遵循基因的自由组合定律．
（5）验证假说一般通过测交的方式进行实验验证，这是因为测交实验能够根据后代的表现型及比例推测亲本产生的配子的种类及比例．因此写出测交的遗传图解即可，并且由于F₁形成的配子的种类及比例是DE：De：dE：de=4：l：l：4，因此测交后代的表现型及比例应符合4：1：1：4的比例．遗传图解如下：

故答案为：
（1）控制两对相对性状的基因是否遵循孟德尔基因的自由组合定律或控制两对相对性状的基因是否在同一对同源染色体上（是否分别在两对同源染色体上）
（2）①高茎豆荚饱满的豌豆和矮茎豆荚不饱满的豌豆杂交    ②F₁代个体进行自交
（4）①高茎：矮茎=3：l，豆荚饱满：豆荚不饱满=3：l      ②不遵循孟德尔的基因自由组合定律（控制两对相对性状的基因在同一对同源染色体上）
（5）遗传图