①水分子不属于生命系统，①错误；
②石头不属于生命系统，②错误；
③迁徙中的一群大雁属于种群，③正确；
④变形虫属于细胞或个体层次，④正确；
⑤病毒不属于生命系统，⑤错误；
⑥生物圈属于生命系统的层次，⑥正确；
⑦恐龙化石不属于生命系统，⑦错误；
⑧蛋白质不属于生命系系统，⑧错误；
⑨跳动的心脏属于器官层次，⑨正确；
⑩运输营养的筛管属于组织，⑩正确．
故选：D． ①水分子不属于生命系统，①错误；
②石头不属于生命系统，②错误；
③迁徙中的一群大雁属于种群，③正确；
④变形虫属于细胞或个体层次，④正确；
⑤病毒不属于生命系统，⑤错误；
⑥生物圈属于生命系统的层次，⑥正确；
⑦恐龙化石不属于生命系统，⑦错误；
⑧蛋白质不属于生命系系统，⑧错误；
⑨跳动的心脏属于器官层次，⑨正确；
⑩运输营养的筛管属于组织，⑩正确．
故选：D．