很多小问题，一个个回答吧。
（1） 这句句子，主干是一个判断句，即【お腹が痛いです】。那么，主语就是“肚子”的【お腹】。当然，按照一般的习惯，说这句话的人，就是这句话的“主题”，一般就是“我”。也就是有些人说的“大主语”了。请注意，从严格的语法意义上说，是没有“大主语”这一说的。本句的主语就是【お腹】，主题才是说话人的“我”，这里缺省了。
（2）【食べ过ぎたので】中的【ので】不能拆开来理解，这里表示原因的“由于。。。”或“因为。。。”的意思。这里的「の」不能单独理解为所谓的形式体言的用法。【食べ过ぎたので】这一短句是在本句中作状语。
（3）【お腹が痛い】，这不是谓语+宾语的结构。所谓宾语是动作的对象，这里没有动作，完整地，【お腹が痛いです】是个判断句。即主语+形容词+判断助动词。
（4）句子主干已经在（1）中说明，正如你所说，就是（我）【お腹が痛いです】。
（5）整个句子的成份，后面是主干，已经在上面分析过成份了。前面半句，是一个动宾结构的短句，加上接续助词【ので】，作原因状语。
补充问题的回答
（1）作为主干的判断句，即是一个主谓结构，当然，谓语就是有判断助动词构成的【痛いです】了。
（2）形容词和名词后接です，即构成判断句。没有动词，只有判断助动词。由判断助动词结尾。
这是日文里的一种句式。不是所谓的描述句，所以不一定非要有动词的概念去理解。
以上，请参考 很多小问题，一个个回答吧。
（1） 这句句子，主干是一个判断句，即【お腹が痛いです】。那么，主语就是“肚子”的【お腹】。当然，按照一般的习惯，说这句话的人，就是这句话的“主题”，一般就是“我”。也就是有些人说的“大主语”了。请注意，从严格的语法意义上说，是没有“大主语”这一说的。本句的主语就是【お腹】，主题才是说话人的“我”，这里缺省了。
（2）【食べ过ぎたので】中的【ので】不能拆开来理解，这里表示原因的“由于。。。”或“因为。。。”的意思。这里的「の」不能单独理解为所谓的形式体言的用法。【食べ过ぎたので】这一短句是在本句中作状语。
（3）【お腹が痛い】，这不是谓语+宾语的结构。所谓宾语是动作的对象，这里没有动作，完整地，【お腹が痛いです】是个判断句。即主语+形容词+判断助动词。
（4）句子主干已经在（1）中说明，正如你所说，就是（我）【お腹が痛いです】。
（5）整个句子的成份，后面是主干，已经在上面分析过成份了。前面半句，是一个动宾结构的短句，加上接续助词【ので】，作原因状语。
补充问题的回答
（1）作为主干的判断句，即是一个主谓结构，当然，谓语就是有判断助动词构成的【痛いです】了。
（2）形容词和名词后接です，即构成判断句。没有动词，只有判断助动词。由判断助动词结尾。
这是日文里的一种句式。不是所谓的描述句，所以不一定非要有动词的概念去理解。
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