①基因工程的操作水平属于分子水平，其运用的原理为基因重组，即是在分子水平上对生物遗传作人为干预，①正确；
②基因治疗属于基因工程技术的应用，②正确；
③基因工程打破了生殖隔离，突破远缘杂交不亲和的障碍，③正确；
④DNA探针可用于病毒性肝炎的诊断、检测饮用水病毒含量，但是不能改造变异的基因，④错误．
故选：B． ①基因工程的操作水平属于分子水平，其运用的原理为基因重组，即是在分子水平上对生物遗传作人为干预，①正确；
②基因治疗属于基因工程技术的应用，②正确；
③基因工程打破了生殖隔离，突破远缘杂交不亲和的障碍，③正确；
④DNA探针可用于病毒性肝炎的诊断、检测饮用水病毒含量，但是不能改造变异的基因，④错误．
故选：B．