A、土壤小动物丰富度的统计可采用记名计算法和目测估计法，A错误；
B、萨顿利用基因和染色体的平行关系，用类比推理的方法推测出基因就在染色体上，B正确；
C、基因突变在显微镜下不可见，染色体变异在显微镜下可见，区别基因突变和染色体变异的最简单、直接的办法是显微镜观察，C正确；
D、探究生长素类似物促进插条生根的最适浓度时先用用预实验大致测定促进生根浓度范围，再用对比实验确定促进插条生根的最适浓度，D正确．
故选：A． A、土壤小动物丰富度的统计可采用记名计算法和目测估计法，A错误；
B、萨顿利用基因和染色体的平行关系，用类比推理的方法推测出基因就在染色体上，B正确；
C、基因突变在显微镜下不可见，染色体变异在显微镜下可见，区别基因突变和染色体变异的最简单、直接的办法是显微镜观察，C正确；
D、探究生长素类似物促进插条生根的最适浓度时先用用预实验大致测定促进生根浓度范围，再用对比实验确定促进插条生根的最适浓度，D正确．
故选：A．