A、线粒体含有有氧呼吸所需的酶，叶绿体含有光合作用所需的酶，两者所含酶即蛋白质的种类不同，A不符合题意； 
B、线粒体和叶绿体都是半自主细胞器均含有少量的DNA和RNA；两者所表达的酶（蛋白质）的种类不同所以所含有的DNA也不相似，B不符合题意；
C、光合作用过程中，只有光反应阶段吸收光能合成ATP；线粒体产生的ATP能量自来自于有机物的氧化分解释放的能量，C不符合题意；
D、叶绿体中光合作用利用二氧化碳产生氧气，线粒体中有氧呼吸利用氧气产生二氧化．D符合题意．
故选：D． A、线粒体含有有氧呼吸所需的酶，叶绿体含有光合作用所需的酶，两者所含酶即蛋白质的种类不同，A不符合题意； 
B、线粒体和叶绿体都是半自主细胞器均含有少量的DNA和RNA；两者所表达的酶（蛋白质）的种类不同所以所含有的DNA也不相似，B不符合题意；
C、光合作用过程中，只有光反应阶段吸收光能合成ATP；线粒体产生的ATP能量自来自于有机物的氧化分解释放的能量，C不符合题意；
D、叶绿体中光合作用利用二氧化碳产生氧气，线粒体中有氧呼吸利用氧气产生二氧化．D符合题意．
故选：D．