A、叶绿体中DNA的遗传方式属于母系遗传，因此将目的基因导入叶绿体DNA上，可以防止目的基因随花粉逃逸，A正确；
B、在胚胎移植时，用促性腺激素对供体母牛做超数排卵处理，B错误；
C、用体细胞核移入同种去核的次级卵母细胞（减数第二次分裂中期）中，克隆濒危动物，C错误；
D、用人工薄膜包裹植物组织培养得到的胚状体，制备人工种子，D错误．
故选：A． A、叶绿体中DNA的遗传方式属于母系遗传，因此将目的基因导入叶绿体DNA上，可以防止目的基因随花粉逃逸，A正确；
B、在胚胎移植时，用促性腺激素对供体母牛做超数排卵处理，B错误；
C、用体细胞核移入同种去核的次级卵母细胞（减数第二次分裂中期）中，克隆濒危动物，C错误；
D、用人工薄膜包裹植物组织培养得到的胚状体，制备人工种子，D错误．
故选：A．