A、如果遗传物质不发生改变，生物也可能会出现变异性状，如不可遗传的变异，A错误；
B、细胞有丝分裂和减数分裂中，都有着丝点的分裂和向细胞两极移动，所以都可能发生染色体变异，B正确；
C、在减数分裂过程中，即使同源染色体之间没有发生交叉互换，但初级精母细胞由于同源染色体分离，也会产生两种次级精母细胞，C错误；
D、如果某果蝇的长翅基因缺失，则说明其发生了染色体结构变异（缺失），D错误．
故选：B． A、如果遗传物质不发生改变，生物也可能会出现变异性状，如不可遗传的变异，A错误；
B、细胞有丝分裂和减数分裂中，都有着丝点的分裂和向细胞两极移动，所以都可能发生染色体变异，B正确；
C、在减数分裂过程中，即使同源染色体之间没有发生交叉互换，但初级精母细胞由于同源染色体分离，也会产生两种次级精母细胞，C错误；
D、如果某果蝇的长翅基因缺失，则说明其发生了染色体结构变异（缺失），D错误．
故选：B．