北京是我国的首都，全国的政治中心、交通中心、教育中心、科研中心、文化中心和国际交往城市，故①正确；
   南水北调中线方案由汉江上游的丹江口水库引水，跨长江、淮河、黄河、海河四大流域，经郑州、石家庄等城市一直流向北京、天津；东线方案是从长江下游扬州附近抽引长江水，沿着京杭运河北上，在山东西部穿过黄河，进入河北再抵达天津，故②不正确；
   北京市位于华北平原北缘，北部是燕山山脉，西部是太行山脉余脉西山，故③正确；
上海是我国最大的工业城市，故④不正确；
   北京是我国的首都，历史上金代在此建立中都，元朝改称大都，明朝和清朝相继将其作为都城，漫长的历史和丰厚的文化，铸就了北京特有的历史文化传统，故⑤正确．根据题意．
故选：B． 北京是我国的首都，全国的政治中心、交通中心、教育中心、科研中心、文化中心和国际交往城市，故①正确；
   南水北调中线方案由汉江上游的丹江口水库引水，跨长江、淮河、黄河、海河四大流域，经郑州、石家庄等城市一直流向北京、天津；东线方案是从长江下游扬州附近抽引长江水，沿着京杭运河北上，在山东西部穿过黄河，进入河北再抵达天津，故②不正确；
   北京市位于华北平原北缘，北部是燕山山脉，西部是太行山脉余脉西山，故③正确；
上海是我国最大的工业城市，故④不正确；
   北京是我国的首都，历史上金代在此建立中都，元朝改称大都，明朝和清朝相继将其作为都城，漫长的历史和丰厚的文化，铸就了北京特有的历史文化传统，故⑤正确．根据题意．
故选：B．