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微生物学经历了一个多世纪的发展,已分化出大量的分支学科,据不完全统计（1990年）,已达181门之多.根据其性质可以简单归纳为下面6类：
⑴按研究微生物的基本生命活动规律为目的来分 总学科称普通微生物学（General Microbiology）,分科如微生物分类学,微生物生理学,微生物遗传学,微生物生态学和分子微生物学等.
⑵按研究的微生物对象分 如细菌学,真菌学（菌物学）,病毒学,原核生物学,自养菌生物学和厌氧菌生物学等.
⑶按微生物所处的生态环境分 如土壤微生物学,微生态学,海洋微生物学,环境微生物学,水微生物学和宇宙微生物学.
⑷按微生物应用领域来分 总学科称应用微生物学（Applied Microbiology),分科如工业微生物学,农业微生物学,医学微生物学,药用微生物学,诊断微生物学,抗生素学,食品微生物学等.
⑸按学科间的交叉、融合分 如化学微生物学,分析微生物学,微生物生物工程学,微生物化学分类学,微生物数值分类学,微生物地球化学和微生物信息学等.
⑹按实验方法、技术分 如实验微生物学,微生物研究方法等.
微生物学经历了一个多世纪的发展,已分化出大量的分支学科,据不完全统计（1990年）,已达181门之多.根据其性质可以简单归纳为下面6类：
⑴按研究微生物的基本生命活动规律为目的来分 总学科称普通微生物学（General Microbiology）,分科如微生物分类学,微生物生理学,微生物遗传学,微生物生态学和分子微生物学等.
⑵按研究的微生物对象分 如细菌学,真菌学（菌物学）,病毒学,原核生物学,自养菌生物学和厌氧菌生物学等.
⑶按微生物所处的生态环境分 如土壤微生物学,微生态学,海洋微生物学,环境微生物学,水微生物学和宇宙微生物学.
⑷按微生物应用领域来分 总学科称应用微生物学（Applied Microbiology),分科如工业微生物学,农业微生物学,医学微生物学,药用微生物学,诊断微生物学,抗生素学,食品微生物学等.
⑸按学科间的交叉、融合分 如化学微生物学,分析微生物学,微生物生物工程学,微生物化学分类学,微生物数值分类学,微生物地球化学和微生物信息学等.
⑹按实验方法、技术分 如实验微生物学,微生物研究方法等.