①地理隔离不一定产生生殖隔离，①错误；
②生殖隔离是物种形成的标志，因此不同物种之间必然存在生殖隔离，②正确；
③种群基因库间出现差异是产生生殖隔离的根本原因，③正确；
④隔离、可遗传的变异和自然选择是新物种形成的基本环节，新物种形成导致物种的多样性出现，④正确；
⑤达尔文的自然选择学说认为生物进化的单位是个体，不是种群，⑤错误；
⑥变异是不定向的，自然选择对不定向的变异起了选择作用，进而决定了生物进化的方向，⑥错误．
故选：B． ①地理隔离不一定产生生殖隔离，①错误；
②生殖隔离是物种形成的标志，因此不同物种之间必然存在生殖隔离，②正确；
③种群基因库间出现差异是产生生殖隔离的根本原因，③正确；
④隔离、可遗传的变异和自然选择是新物种形成的基本环节，新物种形成导致物种的多样性出现，④正确；
⑤达尔文的自然选择学说认为生物进化的单位是个体，不是种群，⑤错误；
⑥变异是不定向的，自然选择对不定向的变异起了选择作用，进而决定了生物进化的方向，⑥错误．
故选：B．