A、目的基因和受体细胞均可来自动物、植物或微生物，A正确；
B、基因工程的运载体包括质粒、噬菌体和动植物病毒，其中质粒是基因工程中最常见的载体，B正确；
C、大肠杆菌是原核生物，没有内质网和高尔基体，不能对胰岛素原进行加工，因此人胰岛素原基因在大肠杆菌中表达的胰岛素原无生物活性，C正确；
D、天然的质粒不能直接作为载体，基因工程中用到的质粒都是在天然质粒的基础上进行过人工改造的，D错误．
故选：D． A、目的基因和受体细胞均可来自动物、植物或微生物，A正确；
B、基因工程的运载体包括质粒、噬菌体和动植物病毒，其中质粒是基因工程中最常见的载体，B正确；
C、大肠杆菌是原核生物，没有内质网和高尔基体，不能对胰岛素原进行加工，因此人胰岛素原基因在大肠杆菌中表达的胰岛素原无生物活性，C正确；
D、天然的质粒不能直接作为载体，基因工程中用到的质粒都是在天然质粒的基础上进行过人工改造的，D错误．
故选：D．