A、紫色洋葱鳞片叶的外表皮细胞有颜色，不能用于观察DNA和RNA的分布，应选用洋葱鳞片叶的白色内表皮细胞，A错误；
B、菠菜叶肉细胞具有颜色，不能用于观察线粒体的实验材料，应选择无色或白色的材料，B错误；
C、通常用层析液分离绿叶中的色素研究色素的种类和含量，C错误；
D、恩格尔曼利用好氧细菌检测光合作用释放氧气的部位，D正确．
故选：D． A、紫色洋葱鳞片叶的外表皮细胞有颜色，不能用于观察DNA和RNA的分布，应选用洋葱鳞片叶的白色内表皮细胞，A错误；
B、菠菜叶肉细胞具有颜色，不能用于观察线粒体的实验材料，应选择无色或白色的材料，B错误；
C、通常用层析液分离绿叶中的色素研究色素的种类和含量，C错误；
D、恩格尔曼利用好氧细菌检测光合作用释放氧气的部位，D正确．
故选：D．