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抓住题干中的“中央政府”、“尊重少数民族文化”、“因俗而治”等有效信息，结合所学可知，唐朝在东突厥故地设立都督府、明朝在西藏建立僧官制度均属于中央政府尊重少数民族文化、“因俗而治”的措施，故①③正确．
“改土归流”自明代中叶以后便逐步开始，它是在土官与封建王朝的矛盾日益尖锐的情况下产生的，政府派遣流官代替土官，不符合“尊重少数民族文化”、“因俗而治”，故②错误．
清康熙帝平定“三藩之乱”是为了加强中央集权而采取的措施，不符合“尊重少数民族文化”、“因俗而治”，故④错误．故A项正确．
故选A．
抓住题干中的“中央政府”、“尊重少数民族文化”、“因俗而治”等有效信息，结合所学可知，唐朝在东突厥故地设立都督府、明朝在西藏建立僧官制度均属于中央政府尊重少数民族文化、“因俗而治”的措施，故①③正确．
“改土归流”自明代中叶以后便逐步开始，它是在土官与封建王朝的矛盾日益尖锐的情况下产生的，政府派遣流官代替土官，不符合“尊重少数民族文化”、“因俗而治”，故②错误．
清康熙帝平定“三藩之乱”是为了加强中央集权而采取的措施，不符合“尊重少数民族文化”、“因俗而治”，故④错误．故A项正确．
故选A．